Olá Elson,
O Alfresco Explorer foi a primeira interface do Alfresco, construída de forma estática, enquanto o Alfresco Share é uma interface de acesso mais dinâmica e na minha opinião muito mais bonita.
Particularmente eu prefiro usar o Alfresco Share, pois tem um melhor impacto visual para nossos clientes, e costumo fazer altos graus de customização no Alfresco Share e adequa-lo a forma de usar de cada cliente. Com o Alfresco share este tipo de customização é mais fácil (desde que conheças Freemarker, CSS e Javascript).
Quanto ao alfresco explorer eu não vejo muita vantagem em usa-lo, porem isto é uma opinião pessoal e pode ser divergente de outros membros da comunidade. Meu conselho é que estude as duas interfaces e tire suas próprias conclusões, pois, somente você e sua equipe tem uma visão realística da aplicação em que o Alfresco será empregado.
Espero te-lo ajudado.
Qualquer dívida pergunte, a comunidade está aqui para isto.
Denys G. Santos