Boa noite, infelizmente, ainda não entendo sobre alfresco, tomcat, servidores, apesar de ter conseguido colocar um online. Eu sou curioso e mesmo sem saber o básico, consegui fazer isso. Por isso, quando você fala em reindexação, eu não sei bem como faria isso.
Em relação as pastas alfresco e share, irei apagar amanhã, quando eu estiver no trabalho e ver se resolve.
Quanto à esse erro: java.net.BindException: Address already in use. Eu já dei kill nos processos e após dei restart no alfresco, porém não resolveu.
Ademais, o que isso quer dizer: This is very likely to create a memory leak. To prevent a memory leak, the ThreadLocal has been forcibly removed.