Olá Michel,
essa questão é muito particular e depende de vários outros fatores: volume de dados que você pretende armazenar, tamanho de disco, que tipo de arquitetura você/sua empresa normalmente usam. Não existe um particionamento "ideal". Mas no geral, você pode considerar ter uma partição pro sistema, Alfresco e banco de dados e outra pra dados, já que Alfresco armazena os arquivos num filesystem. Como disse antes, vai depender muito de você…
Depois nos conte como você resolveu fazer e se funciona bem.
Att.