Ciao,
intanto tieni conto che al contrario di quanto accade con lucene, l'indicizzazione di solr non è immediata, per cui potrebbe essere normale che tu non veda subito i nuovi documenti caricati.
Alcune domande per aiutarti meglio:
hai usato il solr in bundle con alfresco (nel qual caso a mio modesto parere non stai guadagnando niente… anzi!) o ne hai installato uno da zero?
hai semplicemente settato il parametro index.subsystem.name senza fare altre operazioni (tipo full reindex o restart di Alfresco)?