Hola iván,
en el fichero alfresco-global.properties puedes configurar el host para alfresco y share. Busca las líneas
#
# URL Generation Parameters (The ${localname} token is replaced by the local server name)
#————-
#alfresco.context=alfresco
#alfresco.host=${localname}
#alfresco.port=8080
#alfresco.protocol=http
#
#share.context=share
#share.host=${localname}
#share.port=8080
#share.protocol=http
y adaptalas a tu servidor. Supongo que con esos cambios se debería generar correctamente el mail.
Un saludo,
Iago