Vayamos por partes, que tocas muchos temas delicados 
:
>> ahora estoy construyendo la carga de usuarios
Para carga de usuarios, puedes hacer un CVS y cargarlos a través de la consola de usuarios desde share. Aquí un vídeo.
>> pero por ningún lado encontré la carga de permisos y grupos
Ambos temas deberás manejarlos a través de la consola de Administradopr de Share. Primero antes que nada deberás entender cómo funciona, para ellos ojea los siguientes vídeos:
Video de permisos por carpetas.
Administración de Grupos y meter usuarios en grupos.
En resumen: Una vez vistos, verás que por un lado está el crear grupos y a éstos les asignas usuarios.
Y por el otro, con esos grupos los puedes asociar a un permiso (lectura, escritura, etc..) y a un sitio o carpeta concreto.
Para hacer ésto pueds automatizarlo creando un script en javascript o un java que los setee todo.
Y por último:
>> como puedo hacer en alfresco community para conectar una unidad de red sea por CIFS/SMB o WebDAV
Webdav viene por defecto activado. Aquí tienes una guía sobre cómo mapear una unidad.
Supongo que tendrás unas 10.000 dudas más. No desesperes, ve poco a poco y pregunta lo que necesites 😉
¡¡Un saludo!!
