Olá,
Uma das regras de ouro de Alfresco é nunca tocar no código fonte 
pois quando fizeres uma actualização vais perder essas alterações. O que se faz quando se quer modificar algo em Alfresco é uma extensão do mesmo através de amps ou jars, tens mais informação sobre isso aqui Alfresco Module Package (AMP) | Alfresco Documentation .
Se queres criar um tema novo para o teu Alfresco dá uma olhada neste site Create Theme , ele vai te criar um tema como queres e vai te gerar um amp. Após fazeres o download do amp que contém o tema vê esta página Installing an Alfresco Module Package | Alfresco Documentation vai te ensinar como instalar o amp, nota que o amp que descarregas te é um amp de share por isso coloca o amp na pasta amps_share.
Após aplicares o amp troca o tema de Alfresco Changing the Alfresco Share theme | Alfresco Documentation
Podes encontrar muita informação útil aqui Alfresco Documentation | Alfresco Documentation
