Respecto a los PDF/a hace un tiempo que investigue el tema y me encontre que esto no funcionaba en libreoffice+Jodconverter en las ultimas versiones, has comprobado esto?
Al final termine creando mi propia version de jodconverter con el map de pdfa añadido por defecto, aqui la puedes tomar:
El código es para 4.2.f, no se utiliza JodConverter 😉
Sí, he comprobado que funciona, aunque es solo un ejemplo para ilustrar una técnica, no pretendía que fuese realmente un código de puesta en producción.