Bonjour,
A la lecture de votre cas, je vous suggèrerais de réaliser l'import en une seule fois via FTP.
Comme vous le savez peut être, Alfresco permet l'accès à son repository via de nombreux protocoles tels que CIFS, FTP, WebDAV, NFS …
Si vous n'avez aucune métadonnée, vous n'avez qu'a créer l'arborescence cible sur votre filesystem local, puis copier l'ensemble par ftp dans le repository.
Les métadonnées "standard" tels que le titre, l'auteur , etc… des documents courants (MS Office,Open Office, PDF,…) seront extraites automatiquement à l'import, quel que soit le protocole d'accès.
Concernant les problèmes d'accents, il s'agit probablement de problèmes d'encoding, mais vous ne précisez pas votre environnement de déploiement (OS, JVM, conteneur JBoss /Glassfish … ou Tomcat), au niveau client et serveur.