Ciao, 
dunque… ho avuto un po' di tempo per ricreare una struttura di folder simile alla tua ed effettivamente riscontro lo stesso errore: se il nodo è fuori dalla documentLibrary non viene considerato.
Guardando il codice ho scoperto che questo comportamente è voluto… Nel codice del webscript c'è un filtro che fa questo prima di restituire il risultato:
<javascript>
[…]
switch ("" + containerId.toLowerCase())
{
 case "documentlibrary":
   item = getDocumentItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "blog":
   item = getBlogPostItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "discussions":
   item = getForumPostItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "calendar":
   item = getCalendarItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "wiki":
   item = getWikiItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "links":
   item = getLinkItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
 case "datalists":
   item = getDataItem(siteId, containerId, pathParts, node, populate);
   break;
}
[…]
</javascript>
poichè per la tua cartella il containerId è "condivisa", l'item viene scartato!
Per risolvere il tuo problema potresti fare una extension (non cambiare il webscript originale!) che sovrascriva il webscript di ricerca e modifichi opportunamente il filtro…