Tout d'abord je ne suis qu'un néophyte d'Alfresco.
Néanmoins celà ne m'empèche pas d'avoir essayé Nuxeo, à mon goût pas assez mature, récemment passé en version Java.
Le premier désavantage que j'ai vu est l'absence de personnalisation simple (des Workflows entre autres). Au contraire sous Alfresco je n'y vois pas de limite.
Les transformation de documents d'Alfresco sont très pratiques, et le serveur après quelques semaines d'utilisation est très stable.
Sur Nuxeo last but not least, l'absence du CIFS est rédhibitoire, puisque cela permet à une entreprise où la GED était souvent basée sur un filer de ne pas trop changer ses habitudes.
SharePoint et Documentum sont sûrement très bien, mais j'utilise la version open source d'Alfresco, pas comparable au niveau coûts…