Buenas,
Los documentos que se "suben" a alfresco no se almacenan en base de datos, sino en local. Además Alfresco te permite acceder a estos documentos ya sea mediante su cliente web (navegador) o bien con CIFS o WEBDAV. Tanto CIFS como Webdav son tratadas como carpetas compartidas en red, con lo cual los usuarios finales no notarían la diferencia de usar vuestro sistema actual a utilizar Alfresco. Unicamente que como bien dices tendrías otras muchas ventajas, como pueden ser las búsquedas, versionados, etc.
Recomendación:
Accede a Alfresco mediante webdav o cifs, copias todos tus documentos de la carpeta compartida que utilizais, y los "pegas" en el Cifs/Webdav de Alfresco. Date un tiempo para probarlo y si os convence dais el salto a Alfresco.
Un saludo.