Je vous suggère plutôt d'essayer, et je dis bien ESSAYER , de dumper HSQLDB en SQL, puis de la réimporter dans MySQL.
Pour cela, je vous suggère la procédure suivante sans aucune garantie: Si vous êtes dans JBoss, le MBean de HSQL permet de lancer une console qui vous permettra de réaliser un dump . On me souffle une autre solution : "réaliser un checkpoint de transaction et les logs c'est les statements SQL dans le repertoire data".
Une fois dumpé , vous pouvez tenter de la réimporter dans MySQL et voir si Alfresco redémarre, après avoir sacrifié un poulet bien entendu.