Bom, realmente, você fez como o tutorial diz, mas ele está muito ruim, por sinal.
Vou enviar uma mensagens para os responsáveis, pois ao contrário da boa prática que o Tiago Simões te passou sobre não mexer em arquivos dentro da aplicação, o tutorial diz para fazer exatamente isso.
Se você ler outra página dentro da mesma sessão sobre configuração, você verá o caminho correto Introduction to Surf Extension Modules | Alfresco Documentation
tomcat/shared/classes/alfresco/web-extension/site-data/extensions
Mova seu arquivo de configuração para essa pasta (crie se não existir) e tente novamente.
Mas eu fiz uma pergunta antes que você não respondeu.
Esse conteúdo que você postou é o conteúdo completo do seu arquivo de configuração?
O conteúdo correto seria algo como abaixo, contendo as tags extension, modules, module, etc:
<extension>
<modules>
<module>
<id>Site_Conditional_Flash</id>
<description>Applies config based on site id</description>
<evaluator type="site.module.evaluator">
<params>
<sites>noflash</sites>
<sitePresets>.*</sitePresets>
</params>
</evaluator>
<configurations>
<config evaluator="string-compare" condition="DocumentLibrary" replace="true">
<file-upload>
<adobe-flash-enabled>false</adobe-flash-enabled>
<in-memory-limit>262144000</in-memory-limit>
<maximum-file-size-limit>0</maximum-file-size-limit>
</file-upload>
</config>
</configurations>
</module>
</modules>
</extension>
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