Hola hsantander.
Yo tuve el mismo problema pero con la versión 3.2 de Alfresco y lo solucione modificando a mano la variable cifs.urlfile.prefix y añadiendola al fichero alfresco-global.properties pero en lo que respecta a el tratamiento de los FileSystems la version 3.1 y la 3.2 son totalmente diferentes.
En esa versión en teoría si modificas en el fichero file-server-custom.xml la parte <global> del <desktopActions> debería de funcionarte. No obstante postea el contenido que tienes en ese fichero y haber si encontramos algo.
Un Saludo