Je ne connais pas l'intégration entre Kofax et Alfresco.
Par contre je vois une façon de la faire à l'insu de Kofax : Il suffit d'écrire un script (en Java Script) qui sera exécuté lors de l'arrivée du document dans un espace de Alfresco (il suffira de définir une règle sur cet espace qui provoque l'exécution de ce script). Le script modifiera le nom du fichier en fonction de la valeurs d'attributs. Kofax peut alors donner un nom quelconque au fichier, celui-ci sera renommé à son arrivée dans Alfresco.
Bonne chance,
André