Hola bprados cuando configuras la autentificación externa, lo único haces es delegarle la creación y/o eliminación de usuarios al ente externo, el resto de las funcionalidades roles permisos y otros sigue funcionando por cuneta de alfresco, para un manejo correcto de dichos permisos te recominedo realizar un a securitización de los espacios o sitios que tengas dentro de la plataforma es decir comenzaria quitanto todos los permisos de everyone o guest a cada sitio, luego crearia grupos y dentro de estos los usuarios una vez echo esto deberias asignarle estos grupos a los sitios o espacios que necesites, con eso logras manejar el acceso a los contenidos de manera rapida, suerte!!!