Al usuario no se le crean unos permisos, es a las carpetas a quienes se le asignan los permisos.
En un alfresco limpio, las carpetas son legibles por cualquier usuario logueado en la máquina, de modo que si quieres "esconder" alguna carpeta lo primero que tienes que hacer es quitarle ese permiso a la carpeta. Para que el resto de usuarios puedan verla, deberían de pertenecer a un grupo todos ellos de forma que puedas asignar lectura al grupo en esa carpeta y así lo solucionarías…
Un saludo.