Consiglierei di non utilizzare il pacchettone che include MySQL per poter installare Alfresco per le proprie installazioni in ambiente di produzione. Questo pacchetto viene reso disponibile solamente per poter visionare il prodotto, consideratelo un pacchetto demo, e non può considerarsi una configurazione enterprise.
La soluzione più pulita rimane quella di scaricare Alfresco con tutti i componenti separati ed installare solamente i moduli necessari per il proprio sistema.