Buenas,
A ver, yo revisaria que en el fichero custom-hibernate-dialect.properties tienes descomentado la entrada para mysql.
Luego en el custom-repository.properties que tienes el usuario root y la password con la que quieres hacer la conexion, aunque yo particualrmente lo que haria es dar de alta un usuario "alfresco" en el esquema de la bbdd y usar dicho usuario.
Si hasta aqui toda esta correcto, lo siguiente que haria es borrar la bbdd y la volveria a crear usando los scripts que hay en \extras\databases\mysql
Borraria el contenido del directorio alf_data y volveria a reinicar alfresco. Despues de esto deberia arrancar sin problemas.
Saludos