Buenas,
Por seguir mirando cosas, comprueba que los valores de los ficheros:
custom-repository.properties
custom-hibernate-dialect.properties
tienen los valores correctos para tu configuracion. Si sigue sin funcionar, ponlos aqui para que le demos un vistazo.
Otra cosa, aunque este de mas preguntarlo, comprueba que el esquema alfresco tiene los permisos adecuados, y por ultimo y para seguir afinando mas, podias poner la version de alfresco y bbdd que estas poniendo.
Comprueba tambien que el conector de bbdd (si es mysql) esta en la ruta correcta
\tomcat\common\lib
Saludos