Bom Dia Nuno,
O Alfresco vai executar a regra em nome do utilizador que adicionar o documento. Sendo assim tens que garantir que o utilizador tem permissões na pasta de destino.
Caso isso não seja algo desejável o melhor será criar uma acção em Java na qual terá o código com autenticação personalizada usando o metodo runAs(…). É possivel que exista algo similar em javascript mas não tenho qualquer informação a esse respeito.
Em relação ao segundo problema esse problema é normal quando existem comportamentos automáticos, no entanto isso não prejudica o funcionamento do Alfresco. Penso que será um bug insignificante do próprio Alfresco.
Boa Sorte
Ivo Costa