Qualquer uma das duas opções é viável.
Com sites, você tem o controle de quem são os membros que poderão fazer o que simplesmente adicionando aos papais do site.
Com pastas, você pode editar as permissões de forma bastante parecida.
Eu acho que o único motivo para dizer que você DEVE usar sites é se você precisa usar os demais recursos de colaboração, como Wikis, calendários, etc, um por caso.
Se esse não for o caso, vai de pastas mesmo.
