He realizado la configuración en Alfreco 5.0d para tener acceso sobre diferentes OU de un mismo AD, y al realizar la verificación no esta trayendo los usuarios del segundo ldap-ad-authentication.properties ubicado en la ruta: Alfresco\tomcat\shared\classes\alfresco\extension\subsystems\Authentication\ldap-ad\ad2
He mirado en varios foros y lo que cambia es el nombre de las carpetas, de fondo es la misma configuración, no se que puede estar pasando, solicito orientación. Una de las opciones esta en implementar un modulo pero no se si esto sirva ya que no lo vea avalado por ustedes, esta es: https://github.com/magenta-aps/ldap-multi-search-base
Para solucionar el tema de actualización de la configuración (agregar nuevas cadenas al ldap) teniendo instalado el modulo ldap-multi-search-base-master, rrecurri al soporte del desarrollador y logre la configuración correcta para que funcionara en Alfresco 5.0d, relaciono el enlace para su consulta: