Si può fare tutto, il problema è che dovresti sempre prendere una strada vicina a quanto Alfresco sta decidendo di fare.
E' chiaro che cambiare gli Spring bean dello storage, ovvero il dbNodeService ed il fileContentStore di Alfresco rappresenta un override di componenti molto delicati per il corretto funzionamento di Alfresco.
Inoltre il problema è più che altro legato al supporto Alfresco, prima di fare una modifica del genere sarebbe il caso di parlare con Alfresco e capire se loro poi supporterebbero una soluzione del genere, a mio modesto parere direi proprio di no.
Quindi direi di non impelagarsi in strade che cozzano con la roadmap di Alfresco soprattutto nei confronti di eventuali upgrade futuri della piattaforma.
Altra questione interessante invece è quella che sicuramente si possono sicuramente integrare Alfresco con MongoDB ed in differenti modi: subsystems, actions, behaviors, webscripts. Questa è una strada che mi sento di consigliare.
Spero di aver sottolineato la problematica nel modo giusto 😛