Dieses Verhalten ist absolut normal und zu erwarten. Genau aus diesem Grund ist es auch nicht empfohlen, Änderungen direkt innerhalb den Ordnern für die Webapplikationen durchzuführen, sondern entweder über tomcat/shared/classes (sofern die anzupassende Konfiguration dies unterstützt) oder ein eigenes, sauberes Addon-Modul.
Die einzige Möglichkeit, AMPs zu installieren, ohne dass diese Verzeichnisse gelöscht werden (müssen) wäre, diese manuell auszupacken und ihre Inhalte in die ausgepackten Ordner an die richtigen Stellen einzufügen.
