Hola Javier,
En primer lugar, el tomar posesión de un espacio no te impide subir documentos a un espacio, solo tienes que configurar correctamente la seguridad. Por otro lado el tomar posesion del espacio empresa con el usuario admin,me da que no afecta porque posiblemente el propietario de dicho espacio es el propio admin.
Puedes postear el contenido del fichero alfersco.log, de forma que nos de una pista de lo que puede estar pasando?
Gracias