Hola:
* En el caso de definición de modelos de contenidos, transformadores, extractores y demas suelo usar el directorio de extensiones en shared (aunque tenga que reiniciar), y asi puedo trazarlos en el log4j.
* En otros casos, para scripts, templates de freemaker e incluso web scripts (que no son java backend) desde Dictionary Data, aunque prefiero en general tenerlo en extension que en alf_data.
* Los AMP's no me terminan de convencer. Simplemente los despliegan, te modifican el war (y si has hecho algo en classes/alfresco/extension te lo machaca) y no se desinstalan nunca (aunque vuelvas a un WAR anterior, queda una traza en la base de datos y en el log de tomcat) . Los veo más para distribuir un módulo complejo y laborioso de instalar a mano.
Un saludo.
–C.