Vale, pues más fácil me lo pones. No es posible realizar esa diferenciación. Además, creo que lo que te voy a comentar es vital, no deberías acceder al sistema de ficheros físico. Los documentos se almacenan de una forma muy extraña, que utiliza Alfresco para encontrarlos más rápido. También les cambia el nombre. Es decir, cuando trabajas con Alfresco, todo uso de la documentación debe hacerse a través de algún interfaz que ALfresco proporcione, ya sean las aplicaciones web (explorer y share), integraciones con Office (desde word, excel, etc), desde integraciones con Lotus Notes (places, repositorio en el cliente de correo, etc).
Lo del uso de CIFS y demás, no lo veo mal, lo único que si tus documentos llevan muchos metadatos, no se rellenaran a no ser que pongas algunas reglas de contenido en los espacios.
Espero haber sido de ayuda, un saludo.