Tienes un monton de opciones,
A creas grupos de seguridad que se excluyan mutuamente, o simplemente en Alfresco Share dos sitios distintos.
Si necesitas mas aislamiento mirate la opcion de multitenancy en la documentacion.
Para una total separacion montas otro tomcat y configuras los conectores http para correr en 8181 por ejemplo y creas otra base de datos en blanco y puedes correr otro entorno… yo tengo un servidor de pruebas con 4 entornos distintos corriendo en 4 tomcats con este metodo.