Estoy precisamente líado ahora mismo con este tema. Esto es lo que he descubierto por los foros:
1.- Por defecto no existe la búsqueda por etiquetas. En la biblioteca, blogs o wikis del share sí te aparecen las etiquetas a la izquierda y pinchando te aparecen todas las entradas que la contienen.
2.- Las categorías son propiedades que puedes jerarquizar, puedes definir una categoría dentro de otra categoría. Luego éstas son aplicables no sólo a documentos sino tambien a sites, al menos desde el Explorer Web Viewer (al que accedes por /alfresco y no por /share). Las etiquetas son simples palabras clave que puedes asignar. Las etiquetas son válidas en documentos, pero también en entradas de una wiki, de un blog etcétera dentro del Share.