1) Há duas maneiras de configurar a maioria das personalizações: no código (a maioria em XML), ou no banco de dados atrevas do interface usuário (as maioria das ferramentas do console administrativo são só da edição de Enterprise). Regras e permissões geralmente são guardados no banco de dados.
2) Há quatro partes para fazer backup de Alfresco: o código das suas personalizações, a pasta de conteúdo, o banco dos dados, e o despejo dos indícios.
Se você tem todas as partes guardados, se pode recuperá-las sem problema.
Abraço.