Hola,
Un backup en frio es lo mas facil del mundo, paras alfresco luego copiar todo y listo…
En caliente, seguir siempre este orden:
PRIMERO: los indices de lucene es lo menos critico, puesto que puedes arrancar con index.recovery.mode=AUTO y te rellenara los huecos de lo que se haya hecho desde que hiciste el backup.
SEGUNDO: un backup a tu DB, completo, consulta manuales para cada tipo, pero debes de ser capaz de con caulquier entorno grafico (mysqlworkbench por ej,)
TERCERO: Copia del Repositorio, si hay ficheros que no estan referenciados en la DB por que han sido añadidos despues no pasa nada, solo ocupan un poco de espacio, pero si haces este paso el segundo te arriesgas a crear nodos huerfanos sin contenido en los bin.