Hallo,
uh, klingt nach einem sehr ungewöhnlichen Problem. Meine erste Vermutung geht hier in Richtung Suchindex (Lucene / SOLR) - die Navigation in Alfresco Share läuft (mit Ausnahme der Filterfunktionen) über direkte Datenbankabfragen seit Alfresco 4, während je nach Implementierung des CMIS Zugriffs bei der iOS App Suchen über den Index stattfinden könnten. Wenn jetzt der Suchindex bestimmte Daten nicht indizieren konnte, d.h. nicht synchron ist, werden diese über Suchen ggf. nicht angezeigt. Ein einfacher Test, diese Vermutung zu bestätigen oder widerlegen, wäre, eine Suche in Alfresco Share nach den auf dem iPad nicht angezeigten PDFs durchzuführen - werden diese als Ergebnisse geliefert, sinkt die Wahrscheinlichkeit, dass hier die Ursache zu suchen ist, auf nahezu null.
Zusätzlich würde ich empfehlen, diese Frage auch im englischen Forum zu stellen. Hier sind u.a. die Kollegen des Alfresco Partners Zaizi aktiv, die primär die iOS App entwickelt haben und daher am besten Bescheid wissen sollten.
Gruß
Axel