Hola,
Tienes que tener en cuenta que desde la 3.0 a la 3.2 ha cambiado el archivo de configuración principal (custom-repository.properties a alfresco-global.properties). Los subsistemas de autenticación han cambiado (ldap) y los servidores de ficheros (cifs, ftp) también, configurandose ahora todo en alfresco-global.properties. Los transformadores si no recuerdo mal…. En fin, unas cuantas cosas.
Un saludo.
–C.