Je ne sais pas si Alfresco est "référencé" chez les experts comptables, mais utilisé par des experts comptables ou commissaires aux comptes oui
Cela dit dans l'absolu, ils se moquent un peu de l'endroit où vous stockez les documents. Alfresco est un "conteneur" au même titre qu'un serveur de fichiers, et puisqu'il ne participe pas à l'établissement de la comptabilité à proprement dit, il n'a pas particulièrement à répondre à des contraintes imposées par le plan comptable par exemple.
Ce qu'on demande à des documets en compta c'est d'être en mesure de retrouver les pièces, de les rattacher aux différentes affaires. Bref, pouvoir justifier, et une gestion documentaire est bien pratique quand le comptable ou un organisme de contrôle veut obtenir des éléments.
Pour le fait de "tagger" un contenu, on peut passer par l'ajout d'une métadonnée spécifique, ou plus simplement par les catégories. La seconde méthode étant sans doute la plus simple (et dans tous les cas on peut automatiser en grande partie grâce aux "règles de gestion" : voir tutoriel Alfresco).