Hola Gelsys,
Puedes cambiar el rootPath por defecto de share para que el acceso sea a partir de una carpeta, y de esta forma no verias carpetas como Sitios, Diccionario de datos… Esto se hace en el fichero share-config-custom.xml
Si quieres ocultar carpetas, tendrias que desactivar la herencia de permisos en dichas carpetas y asignar a los usuarios o grupos que quieres que las vean. Esto se hace con la acción Gestionar permisos de las carpetas
Por otro lado, cuando un usuario realice una búsqueda, los resultados siempre van a ser contenidos sobre los que tenga permisos, no vas a poder filtrar contenidos que hayan sido subidos por el unicamente.
Un saludo,