Bonjour,
Il est impossible de dire ce qui pose problème sans faire un état des lieu précis.
Parler de migrer vers un autre SGBD n'a d'intérêt que si vous êtes certain qu'il est la cause de la lenteur. Est-ce le cas ? Personnellement j'en doute.
Je vous conseille de commencer par identifier ce qui cloche vraiment : entrées/sorties, RAM et paramétrage JVM, CPU, …
En général le coupable est l'un de ceux-là (dans cet ordre).
Dans tous les cas faire un import massif pendant que les utilisateurs utilisent le système, c'est rarement une bonne idée (à moins que le système soit dimensionné en conséquence).
Enfin un ensemble de batchs d'import vaut mieux qu'un import unique. Ça laisse du temps au système pour digérer les données …