Olá Josafá,
Existem realmente as 3 maneiras. a Primeira (inserindo as configurações na pasta Dicionário de Dados/Modelos) é a maneira mais interessante, pois pode ser feita via com hot-deploy (não tem que reiniciar o Alfresco para fazer funcionar.
A segunda (inserindo as configurações em ../shared/classes/alfresco/extencion) é a mais comum, pois usa o directório de extensão da ferramenta. Para mim esta é a mais aconselhável devido a futuro upgrades de versões (desta forma não é necessário aplicar amps nos wars.
A terceira, é uma solução elegante, que garante uma fácil distribuição de sua solução. Porem, toda vez que quiser fazer um apgrade da solução deve garantir que este amp seja aplicado, e garantir também que os outros amps a serem aplicados sejam compatíveis. Caso dois amps sejam alterem o mesmo arquivo, provalvelmente somente as alterações feitas pelo amp aplicado por último será valida.
Espero te-lo ajudado
[]s